1918年11月10日，毕苏茨基从马格德堡回到华沙，摄政委员会宣布把全部政权移交给毕苏茨基后自行解散。11月18日，毕苏茨基在原来政府的基础上，在华沙组成联合政府，任命社会党人安·莫拉契夫斯基为总理，他自己则统揽全国大权，成为波兰共和国的国家元首。
毕苏茨基上台后，通过一系列措施，巩固了波兰的东西边界，也巩固了自己的权力地位。1920年3月19日，时任波军总司令的毕苏茨基被授予元帅军衔。以后他在参加的协约国方面对苏俄的干涉中，虽一开始遭到惨败，但在拉杰敏战役中，打退了红军的进攻，重新确定了波兰的疆界。
在1922年12月9日进行的波兰首任总统选举中，毕苏茨基因总统权力过小，拒绝做总统候选人。后来纳鲁托维奇当选为总统，接管了毕苏茨基的权力，但很快就遇刺身亡。在随后成立的过渡政府中，毕苏茨基应邀担任了军队总参谋长。
